Проблема оказалась в том, что на GooglePlay не интуитивно понятный интерфейс: нужно было нажать кнопку сохранить после закачивания новой версии apk, и после этого подождать. А все выглядело, будто на сайте активная версия - последняя, но это было не так.
Ждем обновление интерфейса GooglePlay