Имхо, нафиг здесь не нужна компиляция на лету. Уже есть готовые нативные парсеры мат выражений на шарпе. Обычно они распостраняются в dll, но если тебя авторские права не волнуют то открой dll рефлектором и сохрани в исходники. А вообще написать такую программу - это очень просто (если свой парсер писать не будешь, тогда это задача на пару дней).
P.S. Вот например
этот парсер легко декомпилируется рефлектором.
P.P.S А вообще лучше все таки напиши свой - так хоть опыта наберешься.
P.P.P.S Как доделаешь выкладывай - посмотрим =)