[moka]

Такая деятельность не будет поддерживаться web разработками, т.к. напрямую подвергает пользователей на неприятности.

Native Messaging API - один из путей, но снова, не лучший вариант, т.к. требует уже существующее ПО.

За установку ПО без прямых на то действий пользователя, я и многие другие готовы по башке палкой не раз переехать таким разрабам. Смотрим на Mail.ru..

Зачем ты это делаешь и почему?
Даже сейчас можно используя AJAX (jsonp) послать сообщение локальному сервису, который может слушать запросы, и если нужно ответить, если не отвечает - значит не установлен / вырублен. Далее на странице попроси юзверя скачать то или иное ПО и поставить. Не делай это за него - тебя возненавидят за такие действия.