Трансофрмацию нужно использовать самого меша а не объекта, т.к. каждый meshInstance - по сути child объект (node), и имеет свою дополнительную трансформацию.
В общем замени
21 строку в navmesh.js на:
var transform = this.entity.model.model.meshInstances[0].node.getWorldTransform();