Кстати использовал два готовых примера shader-теней.
В последний момент решил воспользоваться alpha и transparent текстурами.
До обработки они прозрачны, после затенения - не прозрачные но с тенями.
(ну я решил прозрачные меши рендерить отдельно от теней)
А так, например как в Blender картинке:
Или например травы..
Просто я с шейдерами никогда не связывался.
В общем стандартные прозрачности исчезают после обработки.