[moka]

md2 - это не скелетная анимация, это повертексная, и уже почти забытая. Желаю и вам забыть о ней.
vlad - это он о 3Д Максе.
avel - да возможно, я с этим точно не работал, но примерно скажу, своё об этом представление. Сперва глянь вот это, из 3 сообщения Нунена:

mesh_3ds=LoadAnimMesh("makbot\mak_robotic.3ds");an im seq 0
LoadAnimSeq(mesh_3ds,"makbot\mak_running.3ds");ani m seq

Видишь, анимация загружена из отдельного файла. Как я представляю себе это, то первая модель это модель со скилетом и привязоными к костям точками. А вот в файле, только скилет, где названия костей, индентичны названию костей в моделе со скелетом, но в этом файле, нету модели, там только тот-же скелет, но с анимацией.
Относительно анимированию, частей тела, есть команда, которая поворачивает и двигает определённую кость, но это программно, реализовать можно, но написав свои функции, если подумать, не слишком и сложно.
Но если анимировать, каждую часть тела? Зачем, так нигде не реализовано! Например HL2, там ниже пояса, и выше, а голова програмно + тело может отправится в безанимационное состояние - только физика. Обычно так и делают в последних новинках.

Относительно разным моделям, и одинаковой анимации, конечно можно что-бы разные модели были, зачем тогда делать анимацию отдельно?