Почему нет?
Под обновить - что ты имеешь ввиду конкретно?
Тест - обновляет:
> mongo
> use test
> db.items.insert({ a: [ 1, 2 ] })
> db.items.find()
{ "_id" : ObjectId("5232d861f37cb58b0486eeb1"), "a" : [ 1, 2 ] }
> db.items.update({ }, { $set: { 'a.0': 5, 'a.1': 8 } })
> db.items.find()
{ "_id" : ObjectId("5232d861f37cb58b0486eeb1"), "a" : [ 5, 8 ] }