Ты же SQLite собрать пытаешься - а он на C собран.
Тем более если говорить о node.js, то там большая часть модулей - это аддоны (либы), написанные на С. Следственно и компилить их нужно.
Поставь node-gyp и cygwin со всякими плюшками и забудь о проблемах компиляции.
Если разраб библиотеки не позапотился о нормальной компиляции под винь - то тут уж прости.
И различай что твой интерпретируемый язык, работает не в закрытой и кем-то разработанной среде (броузер) а в системе, которая везде разная.