1. Бери Debian или, ещё лучше, Ubuntu Server.
Сейчас, конечно, набигут труЪ-линуксоиды и скажут, что Ubuntu для нубов, но я пользуюсь лишь прагматическими соображениями. По моему опыту нескольких лет, на CentOS вечно приходится делать "сложно" (этого пакета нет, того пакета нет, там репозитория не хватает, здесь щячло карпа из исходников компиль!), когда ту же задачу на Ubuntu решить получается "просто" (в большинстве случаев решается apt-get'ом без изъёбов). И когда у меня на работе встаёт задача сделать что-то, я хочу потратить на это как можно меньше времени, а не чтобы было труЪшно. А ещё у Ubunt'ы коммьюнити, документации и мануалов больше, чем у чего-либо иного. У меня Ubuntu работает на двух серверах и я очень бы хотел перевести на неё оставшиеся два.
2. ngnix ИЛИ apache — вопрос неправильный, они для разных целей предназначены. Базово тебе нужен только apache. Кроме того, если собрался юзать nginx, будут трудности с коннектом его к панели управления хостингом, так как многие из них об nginx'е ничего не знают. nginx — это наша, русская потеха, на Западе он довольно незаслуженно неизвестен. Поэтому при выборе панели управления хостингом поинтересуйся, как она дружит с nginx (если он тебе нужен, опять же). Ну, вообще говоря все панели так или иначе базируются на apache, в котором конфиги стандартны. И в любом случае его можно будет законфижить для работы с nginx. Но это нетривиальная задача, и будет мало толку, если панель будет генерить только конфиги для apache, а для nginx придётся отдельно. Так что лучше если панель и правда поддерживает (или энтузиасты сделали соотв. моды). Если тебе нужна панель, то обычно вместе с ней и ставится всё ПО для веб-сервера.
3. Тут могу сказать только то, что юзал:
- cPanel. Очень круто, моя любимая. Но, к сожалению, лицензия стоит недёшево (дороже чем некоторые VPS).
- Plesk. Параша. Полный отстой, интерфейс говно и функционал куц. Лучше вообще без панели, чем это УГ. Имел несчастье заставлять её работать с nginx (успешно, но говна, конечно, покушал).
- Parallels. Тоже дерьмо. И, вроде, от тех же авторов, что Plesk.
- EHCP. Бесплатно, простенько. Хотя местами и сыровато. После обработки напильником вполне норм.
- Webmin — работал мало, но в целом положительные впечатления. Бесплатно.
- Без панели. Юзаю на двух серверах, батя грит малаца. Если новый сайт раз в полгода — зачем вообще панель? (за хорошую, а действительно хорошей я могу назвать только cPanel, ещё и платить надо ежемесячно). Ладно, есть случаи, когда надо (например, реселлинг), но я-то таким не занимаюсь жи.
4. NewRelic хвалят. Хотя сам не юзал, врать не буду.
5. Смишной пункт. Вообще смишной. Все известные дыры уже в софте давно пофикшены. А где в будущем будет дыряво — заранее не узнаешь. А, кстати, бОльшая часть дыр как раз не в серверном ПО, а в сайтах авторов-криворучек, а также в давно не обновлённых версиях популярных CMS. Так что тут могу только посоветовать простое правило: заюзал открытый движок для сайта — взял на себя ответственность его регулярно обновлять.
6. bash-скрипты + cron + ручки. Ну, наверное, и готовые решения есть.
Железный? А тебе оно надо? Можешь назвать хотя бы пару аргументов, почему нужен железный, а не виртуальный? Или это чисто эмоциональное решение? Не будь поехавшим, бери VPS. Всё то же самое, только дешевле. И в любой момент можно проапгрейдить виртуальные железки, если необходимо.