Точно разные файлы, я не обратил внимания.
Мастер не работает, хочет .net 4.0.3 - видимо это 4й с сервис-паком, я установил просто 4й - не заработало и я забил.
У тебя в структуре каталогов в мастере установки обе либы лежат в папке libs, но удаляются же они оттуда, как этого избежать?
