Фанаты Юнити не могут совладать со своим Юнити, лол. Не надо ляля, вполне себе оно все ложится под SVN, даже крупные проекты. Есть только одна проблема - закомитать всю ту блевоту, что это херня генерит. Почему нельзя было писать в 1 файл - ну хз, наверное чтобы винт помучить да тормозить сильнее. Ну и для меня до сих пор загадка - почему кэш (то блеать кэш, мать вашу) необходим для проекта, и его отсутствие разламывает все сцены в проекте (когда первый раз делал проект на юнити долго срал кирпичами, сделав чистый чекаут и увидев сцену со слетевшими материалами, мешами и т.п. Оно сохранило сцену так-то, только связи все были похерены, благо проект был маленький и за час можно было восстановить все).
Алсо ты таки открой настройки проекта и удивись наличию выбора системы контроля версий. В 3.3 оно уже точно было, до нее - хз.
З.Ы. А хваленную говносистему контроля версий от юнитека чо не заюзал?