[YellowAfterlife]

Обычно работа с оперативной памятью проходит быстрее чем работа с диском.
Исключение - превышение объемом данных размера оперативной памяти, в случае чего будет использоваться файл подкачки и разницы особой не будет (или будет работать даже медленнее из-за загрузки-выгрузки частей из ОП).
Окончательное решение должно зависить от отдельной программы (к примеру загружать в ОП файл для того чтобы применить к нему несколько битовых операций и выгрузить было бы странно) и упомянутого объема загружаемой памяти.