IDirect3DVertexBuffer9* vb = 0;
Mesh->GetVertexBuffer(&vb);
потом делать буферу lock, тебе нужно будет вытаскивать в структуру FVF, ее тоже из D3DXMESH можно получить
IDirect3DIndexBuffer9* ib = 0;
Mesh->GetIndexBuffer(&ib);
и изменяй вершины и получай данные
пример
Vertex* vertices;
_vb->Lock(0, 0, (void**)&vertices, 0); // заблокировать весь буфер
vertices[0] = Vertex(-1.0f, 0.0f, 2.0f); // записать данные вершин
vertices[1] = Vertex( 0.0f, 1.0f, 2.0f); // в буфер
vertices[2] = Vertex( 1.0f, 0.0f, 2.0f);
_vb->Unlock(); // разблокировать буфер, когда
// мы закончили работать с ним