[HolyDel]

Нужно ли создавать для каждого объекта свои буферы?

нет
1) биндишь буффер
2) устанавливаешь матрицу трансформации первого куба
3) ДИП
4)у станавливаешь матрицу трансформации второго куба
5) ДИП