[cyberblut]

Да дело не в правах (под виндой-то) и функции.
Обрати внимание на строку

unlink($folder . '/' . $file); 


Где в ужатом варианте объявление переменной $folder? Соответственно файл не найден.
Должно быть не

$dir = opendir('files'); 


а

$folder = 'files';
$dir = opendir($folder); 


Ну и мой недочёт напоследок
измени

$file_date = filectime($file); 


на

$file_date = filectime($folder . '/' . $file);