Все правильно. r+ устанавливает позицию в начало файла и соответственно перезаписывает его. Если тебе нужно дописать файл, то используй опцию а+ (устанавливает позицию в конец файла)
Доп. информация:
http://ru2.php.net/manual/en/function.fopen.php
P.S Уточняю, происходит запись поверх старых данных, т.е. если новых данных окажется меньше то в режиме r+ у тебя будут новые данные и остаток от старых. как-то так)
P.P.S. Вместо echo("<meta http-equiv=refresh content=0;url=index.php>") ; лучше использовать header('location: /index.php'), правда нужно помнить что заголовки устанавливаются до первого вывода чего-либо на экран, т.е. до первого вызова echo или print