1. По моему не нужно лезть в опцию CompoundObject. А лучше атачить все прям в эдитабли поли/меш.Что-то мне подсказывает что они работают как булиан и соединяют 2 меша изменяя геометрию. А отсюда исходят черезжопства в UV + новые полигоны.
2. На новых максах не нужно лезть в flattenMapping, переключать на вторые координаты и так далее. Все это дело можно автоматом развернуть прямо во вкладке Render to Texture. Одной кнопкой вы развернете UV на любых сетах координатов и отрендерите лайтмап.
3. И ваще. Нафига нужно вот это?
HWMultiTex 1
level = LoadMesh("map.b3d")
lightmap = LoadTexture("lightmap.png")
TextureCoords lightmap, 1
TextureBlend(lightmap, 5)
EntityTexture level , lightmap, 0, 1
FreeTexture lightmap
В пиплейне можно прямо в браше вбить этот лайтмап на вторые UV с блендом Multiply2. Ну а если вы говнокодер то пожалуйста юзайте ужасный этот код.