[Randomize]

CLS лишний:

Graphics3D 1024,768,16,1
SetBuffer BackBuffer()

levels$ = "Menu"

While Not KeyDown(1)

If levels = "Menu" Then
menu()
levels = "NotLevels"
End If

UpdateWorld
RenderWorld
Flip
Wend
End

;=======================
;=== MENU ===
;=======================
Function menu()
ClearWorld
Cls ;<--------- вот гад (в 3D CLS не нужен)
MenuBackground = LoadImage("Data\image\menu.bmp")

DrawImage MenuBackground,0,0
End Function

А конструкцию:

If levels = "Menu" Then
menu()
levels = "NotLevels"
End If

Перениси чтоб прсле RenderWorld была.

Смотри тут какое дело:
UpdateWorld обновляет мир
RenderWorld выводит весь 3D мир в буффер
;ТУТ добавляем своё 2d в буффер ПОВЕРХ ВЫВЕДЕНОГО ранее 3D
Flip выводит на экран