впринципе ЛЮБУЮ систему (в том числе и многоуровневую) можно описать двумерным массивом, и я советую это делать поскольку обращение к даже элементу трехмерного массива ведет за собой кучу умножений, что жутко тормозит гаму...
ну а заюзать трехмерный массив можно например в проекте типа игры X-Tension. есть космические базы: одно измерение это набор свойств базы, типа там количество жизней, денег и т.п., второе измерение сами базы, третье измерение это сектора космического пространства в которых эти базы находятся...