HRESULT D3DXCreateTextureFromFileEx(
LPDIRECT3DDEVICE9 pDevice,
LPCTSTR pSrcFile,
UINT Width,
UINT Height,
UINT MipLevels,
DWORD Usage,
D3DFORMAT Format,
D3DPOOL Pool,
DWORD Filter,
DWORD MipFilter,
D3DCOLOR ColorKey,
D3DXIMAGE_INFO * pSrcInfo,
PALETTEENTRY * pPalette,
LPDIRECT3DTEXTURE9 * ppTexture
Если я правильно понимаю нужен цветовой ключ вместо которого должен быть прозрачный цвет. Он задается в параметре ColorKey в кодировке ARGB. Первый байт слева задает прозрачность. Остальные три - цвет.
И незабудь включить альфа-блендинг
pD3DDevice->SetRenderState(D3DRS_ALPHABLENDENABLE, true);
pD3DDevice->SetRenderState(D3DRS_SRCBLEND, D3DBLEND_SRCALPHA);
pD3DDevice->SetRenderState(D3DRS_DESTBLEND, D3DBLEND_INVSRCALPHA);