Замечен глюк:
инсталлер создает иконки в меню "Пуск" и на рабочем столе, у которых в параметрах не задано значение "Рабочая папка".
Это значит, что файлы, используемые в вашем проекте будут искаться там же, где и ярлык, но их там, разумеется, нет.
Для того, чтобы избежать столь неприятной фигнетюлины, необходимо в самой первой строчке исходника вашого проекта перед созданием exe написать:
ChangeDir SystemProperty("appdir")
В процессе разработки эту строку нужно закоментировать, чтобы все работало правильно. Только не забывайте снимать комментарий с этой строчки перед созданием exe-файла.